Con la paz de la Iglesia y su reconocimiento en el Imperio, surgieron nuevos desafíos teológicos. Para proteger la fe recibida, la Iglesia convocó concilios ecuménicos. En Nicea (325) se afirmó la divinidad de Cristo frente al arrianismo y se formuló el Credo como síntesis de la fe.
En Constantinopla (381) se profundizó la comprensión del Espíritu Santo y de la Trinidad. Más tarde, en Éfeso (431) y Calcedonia (451) se clarificó la doctrina sobre la persona de Cristo, verdadero Dios y verdadero hombre. Estos concilios fueron determinantes para la unidad doctrinal y la comunión eclesial.
En este período también florecieron los Padres de la Iglesia, como San Agustín, San Jerónimo, San Ambrosio y San Gregorio, quienes contribuyeron con su teología, espiritualidad y guía pastoral. Su obra dejó una huella profunda en la liturgia, la catequesis y la moral cristiana.