Los siglos finales de la Edad Media y el inicio de la modernidad trajeron grandes desafíos. Surgieron movimientos reformistas, tensiones internas y la Reforma protestante. La Iglesia respondió con el Concilio de Trento (1545–1563), que profundizó la enseñanza sobre los sacramentos, la Eucaristía, la justificación y la disciplina eclesial.
Se impulsó la formación del clero en seminarios, la catequesis sistemática y la renovación de la vida litúrgica. La Compañía de Jesús y otras órdenes religiosas jugaron un papel clave en la reforma, la educación y la misión.
La evangelización se expandió a América, África y Asia. Misioneros llevaron el Evangelio a nuevos pueblos, fundaron comunidades y desarrollaron la educación. La Iglesia se hizo verdaderamente universal, con expresiones de fe inculturadas en diversas regiones.